אחד הנושאים המרכזיים עליהם התעקש ראש עיריית נתיבות, יחיאל זוהר במהלך המו"מ שניהל עם משרדי הממשלה והותמ"ל כתנאי אקוטי לחתימה על הסכם הגג היה שהממשלה תתחייב על פיתוח תשתיות תעשיה בעיר בהלימה לקצב ההתפתחות האורבאנית של העיר והצפי להכפלת אוכלוסיית העיר בתוך עשור. על רקע הנסיון הרב של זוהר בהתנהלות עם שרים ופקידי ממשל מתחלפים הוא לא הסתפק באמירות של "יהיה בסדר" ו"זה מובן מאליו" ודרש לעגן זאת בהסכם הגג, כך שההסכם שנחתם כולל התחייבות ממשלתית מפורשת של משרד האוצר ורשות מקרקעי ישראל לפיתוח שטחי תעשיה חדשים בנתיבות תוך שהיא פועלת להרחיב את גבולותיה. בחלוף שנתיים היכתה נתיבות את כל התחזיות החיוביות ורשמה הצלחה חסרת תקדים בשיווק מגרשים לבניה רוויה של מעל 2500 יח"ד חדשות במערב העיר כשקצב האכלוס והגידול באוכלוסייית העיר שובר שיאים. עוד טרם החתימה על הסכם הגג הציגה נתיבות רף הצלחה גבוה על רקע הביקושים העודפים לאכלוס בעיר, כאשר מאות תושבים ואזרחים מכל רחבי הארץ התמודדו על עשרות מועטות של מגרשים ויחס הזכיה בה מגיע עד כדי אחד לעשר. עם התנעת תהליכי היישום של הסכם הגג ועל רקע ההצלחה של השיווקים שמציבים רף גבוה של קצב הגידול באוכלוסיה, דרש זוהר לממש התחייבות הממשלה ויזם פניה למשרד הפנים להקמת וועדת גבולות להרחבת גבולותיה של נתיבות כדי שאפשר יהיה לפתח בהם שטחי תעשיה ומסחר, ליצור מקומות עבודה חדשים לצעירים ולהניע תהליך של צמיחה. משרד הפנים קבע את המתווה לדיון בתביעות עיריית נתיבות להרחבת גבולותיה באמצעות וועדת גבולות שבה חברים אנשי מקצוע ומומחים כך שהחלטותיה הינם מקצועיים גרידא. מן הראוי להדגיש כי וועדת הגבולות הקודמת שהחליטה על צירוף שטחי פארק תעשיות נ.ע.ם. ושטחי תעשיה נוספים במערב העיר לגבולותיה, קבעה כבר אז כי במשך הזמן היא תדון בהרחבת גבולות נוספת ככל שצרכי הפיתוח והתתפתחות האורבאנית של נתיבות יחייבו זאת. כל נסיונותיו של ראש מועצת שדות נגב, תמיר עידאן לעצור את תהליכי הקמת וועדת הגבולות והגם שזוהר ניסה להגיע להסכמות בהידברות, לא צלחו וחרף התנגדותו שר הפנים חתם על צו להקמת וועדת גבולות, הוועדה קיימה ישיבה ראשונה וקבעה לו"ז לקידום דיוניה.
בינתיים, עתר מרכז המועצות האזוריות בשיתוף 5 מועצות אזוריות, בתוכם המועצה האזורית שדות נגב לבג"צ כנגד שר הפנים, ח"כ אריה דרעי כנגד החלטתו למנות 36 וועדות גיאוגרפיות ברחבי הארץ ובכלל זה וועדת הגבולות נתיבות-שדות נגב. הטענה המרכזית כנגד שר הפנים כי מדובר במחטף והתזמון של ההחלטה בתקופה הסמוכה לפיזור הכנסת וקיום הבחירות מעלה חשש שהיא נגועה בשיקולים פוליטיים. שר הפנים מצידו טען כי מדובר בוועדות מקצועיות הפועלות באופן שוטף כל השנה ומטרתן לקדם צדק חלוקתי בין רשויות מקומיות וההחלטות נתקבלו לאחר תהליך מקצועי סדור וארוך. עם זאת, הודיע משרד הפנים כי ההחלטות על המלצות וועדות הגבולות יתקבלו רק לאחר כינון הממשלה הבאה. בית המשפט לא נעתר לבקשת שדות נגב והמועצות האזוריות ליתן צו ביניים וקבע את העתירה לדיון בלו"ז הרגיל. המשמעות של ההחלטה שהוועדה תוכל להמשיך ולקיים את דיוניה באופן שוטף וללא עיכובים כך שעל פי כל ההערכות היא צפויה לסיים את עבודתה המקצועית בסמוך למועד שאחרי הבחירות וההחלטות תתקבלנה ע"י שר הפנים בממשלה הבאה. זוהר שב והדגיש כי ככל שקיימת מחלוקת עם ראש מועצת שדות נגב לעניין גבולות העיר היא בגדר מחלוקת ציבורית ליגיטימית ולא מדובר במחלוקת אישית כך שהוא היה מעדיף לקדם הליכים מתוך הסכמה משותפת כי בסופו של דבר התפתחותה של נתיבות מקרינה ומייצרת צמיחה גם ביישובי שדות נגב.
